Okulumuz adını, Kurtuluş Savaşı sonunda Çeşme'nin düşman işgalinden kurtuluş günü olan 16 EYLÜL'den almıştır. 1932-1933 Öğretim yılında açılmış olup, çevresinde bulunan 1. ve 2. sınıf seviyesindeki öğrenciler için kullanılmış, bazen de 3. sınıf ilave edilmiştir. Bina çok küçük olduğundan üst sınıflar açılamamıştır.
Eski okul binası 1964 yılında iyice harap hale gelmesi nedeniyle verilen rapor üzerine eğitim Öğretime son verilmiş, öğretmen ve öğrencileri ile ilçedeki Namık Kemal İlköğretim Okuluna nakledilerek öğretime bir süre orada devam etmiştir.
Yeni yapılacak okul için uygun arsa bulunamadığından eski arsa sahası genişletilmiş, kuzey hududundaki belediyeye ait boş arsa okul arsasına katılarak Mart 1966'da yeni bina inşa edilmiştir.
1967 yılının 9 Ocak günü yeni bina açılmış ve 199 öğrencisi ile beş şube olarak hizmete girmiştir.
Zaman içerisinde ihtiyaca binaen yeni şubeler açılmasıyla 2006-2007 Öğretim yılında 6 ilköğretim I.kademe şubesi ve 1 anasınıfı şubesi ile normal öğretime devam etmiştir. Ancak; Okul 2007-2008 Öğretim yılında 2. kademesinin de faaliyete geçirilmesi sebebiyle fiziki yetersizlikler yaşamaya başlamış ve bu öğretim yılından itibaren ikili öğretime geçmiştir.